1、普通潔凈室常用的滅菌方法
（1）紫外線照射 
紫外線照射屬于電磁輻射消毒法，其機理是使細(xì)菌吸收輻射吸熱而產(chǎn)生熱效能，破壞其蛋白質(zhì)和核酸從而達(dá)到滅菌的目的。紫外線照射的殺菌效果明顯，廣泛應(yīng)用于醫(yī)院需要消毒的場合，如室內(nèi)空氣、物體表面、水及其他液體等。但是，紫外線殺菌也有相當(dāng)?shù)木窒扌?。由于紫外線輻射能產(chǎn)生對人體有傷害的臭氧，所以紫外線殺菌只能在無人的狀態(tài)下進行消毒。紫外線只能對靜止的物體有滅菌作用，對流動的空氣毫無意義。在組合式空調(diào)機組停用時，紫外線照射也可作為機組消毒的一種手段。紫外線照射滅菌的效果與菌種、遮擋等都有關(guān)系，由于這些因素的影響，使用紫外線燈管照射時應(yīng)當(dāng)注意對需要消毒的暴露對象長時間照射，應(yīng)盡量的近距離照射。
（2）臭氧
臭氧在常溫下是強氧化性氣體，也是一種廣譜殺菌劑。可用來殺滅細(xì)菌及其芽孢、病毒及真菌，也被廣泛用于醫(yī)院消毒。由于臭氧是極不穩(wěn)定氣體，在常溫下會自行分解為氧氣，所以不能貯存，一般都是通過臭氧發(fā)生器現(xiàn)場制備并立即消毒滅菌。
由于臭氧為強氧化劑，對人體及室內(nèi)物體有損害，所以高濃度臭氧只能在密閉房間無人狀態(tài)下使用，消毒后30min人員方可入內(nèi)，這也說明了臭氧消毒的局限性。低濃度臭氧發(fā)生器可以使用在有人員活動的房間，其滅菌效率比高濃度略差，但也是有效的，當(dāng)臭氧濃度為0.2mg/m³時，15min細(xì)菌殺滅率為98.05%～99.99%。
（3）化學(xué)消毒劑
利用噴霧機熏蒸化學(xué)消毒劑的方法殺滅空氣中的微生物也是生物潔凈室常用的消毒方法。常用的化學(xué)消毒劑有甲醛、過氧乙酸、過氧化氫、含氯消毒劑和季銨鹽類消毒劑等。使用化學(xué)消毒劑進行消毒，一般都須關(guān)閉門窗1～2h噴霧或熏蒸。還有一些化學(xué)消毒劑是可以用來浸泡或擦拭的。如二溴海因、過氧化復(fù)、過氧乙酸等。
無論是噴霧、熏蒸，還是擦拭，化學(xué)消毒劑對人體及物體都有不同程度的危害，在使用時應(yīng)當(dāng)經(jīng)專業(yè)人員培訓(xùn)，操作時應(yīng)謹(jǐn)慎小心，以免造成人身傷害。每個潔凈室使用的化學(xué)消毒劑應(yīng)當(dāng)定期更換，防止室內(nèi)的微生物產(chǎn)生抗藥性。
2、藥廠潔凈室的消毒
對于藥廠潔凈室，不僅需要對空氣進行過濾，還需要對室內(nèi)器具、地面、壁板等表面進行消毒滅菌處理，嚴(yán)格控制室內(nèi)空氣中的生物或非生物的微粒數(shù)量。
進入潔凈室的空氣是通過亞或空氣過濾器達(dá)到除菌目的的，可以視為無菌空氣，但是這個過程并無殺菌作用。只要室內(nèi)有人員的活動，就有可能產(chǎn)塵或產(chǎn)菌；只要室內(nèi)有微生物生存的營養(yǎng)源，就有可能使微生物生存及繁殖。因此，藥廠潔凈室應(yīng)有完善的消毒制度。
無菌室、室內(nèi)設(shè)備、器具和雜物、傳遞室或傳遞窗及更衣室的清洗盡量采用水洗。非無菌制劑潔凈室的清掃消毒，一般采用普通的清掃消毒方法。